小規模企業向け勤怠管理システムの選び方
費用相場・無料版との違い・導入の目安

#勤怠管理システム

#小規模企業

2026年11月10日

 「従業員が数人しかいないのに、勤怠管理システムは必要?」と疑問に感じている経営者や総務担当者の方もいるのではないでしょうか。

 勤怠管理システムの導入自体は法律上の義務ではありませんが、小規模企業でも労働時間の適切な管理は必要です。近年は無料プランや低価格のクラウド型サービスもあり、タイムカードやExcelによる集計作業の負担を減らせるようになっています。

 本記事では、小規模企業向け勤怠管理システムの費用相場や導入人数の目安、無料版との違い、失敗しない選び方をわかりやすく解説します。

1. 小規模企業でも勤怠管理システムは必要?

 結論から言うと、勤怠管理システムの導入は法律上の義務ではありません。ただし、従業員が1人でもいれば、会社には労働時間を客観的な方法などで適切に把握し、必要な記録を保存する義務があります。この義務を少ない手間で果たす手段として、小規模企業でも勤怠管理システムを導入するメリットは大きいといえます。

1-1. 小規模企業とは?従業員数の目安

 中小企業基本法では、「小規模企業者」を業種ごとに次のように定めています。

業種 常時使用する従業員数
製造業・建設業・運輸業その他 20人以下
卸売業 5人以下
小売業 5人以下
サービス業 5人以下

※小規模事業者支援法など一部の法律では、宿泊業・娯楽業は20人以下とされています。

 ただし、勤怠管理システムを選ぶ場面での「小規模」は、この法律上の定義より広い意味で使われるのが一般的です。本記事では、従業員がおおむね30人以下で、経営者や総務担当者が勤怠管理を兼務している会社を「小規模企業」として解説します。中小企業全般に共通する選び方については、「中小企業向け勤怠管理システムの選び方:5つの重要ポイント」もあわせてご覧ください。

1-2. 少人数でも労働時間の適切な管理が必要

 労働時間の管理に関する法律のルールは、従業員数が少なくても原則として大企業と同じです。小規模企業でも押さえておきたいルールは、次の3つです。

ルール 内容 根拠
労働時間の状況の把握 タイムカードやパソコンの使用時間の記録など、客観的な方法で把握する。管理監督者も対象 労働安全衛生法第66条の8の3
把握した記録の保存 労働時間の状況の記録を作成し、3年間保存する 労働安全衛生規則第52条の7の3
出勤簿・タイムカードなどの保存 労働関係に関する重要な書類として5年間保存する(経過措置により当分の間は3年間) 労働基準法第109条

 また、時間外労働の上限規制は、中小企業にも2020年4月から適用されています。残業時間を月単位・年単位で集計できていないと、上限を超えていることに気づくのが遅れるおそれがあります。

1-3. 勤怠管理システムの導入は義務ではない

 法律が求めているのは、客観的な方法で労働時間を把握し、記録を残すことです。特定のシステムを使うことまでは求められていません。タイムカードやICカードで正しく記録・保存できていれば、それだけで法律違反になるわけではありません。

 一方で、従業員がExcelに出退勤時刻を自分で入力するだけの「自己申告制」は、原則的な方法ではありません。やむを得ず自己申告制にする場合は、実際の労働時間と合っているかを確認する実態調査などの措置が必要です。こうした運用の負担を減らすことが、小規模企業で勤怠管理システムを導入する大きな理由になります。

2. 小規模企業が勤怠管理システムを導入するメリット

 小規模企業が勤怠管理システムを導入する主なメリットは、「集計作業の効率化」「ミスの防止」「残業・有給の管理」「属人化の防止」の4つです。専任の担当者がいない会社ほど、効果を実感しやすいといえます。

2-1. タイムカードやExcelによる集計作業を効率化できる

 タイムカードやExcelで管理していると、月末に担当者が打刻時刻を転記し、労働時間や残業時間を手作業で計算する必要があります。勤怠管理システムなら、打刻データから労働時間・残業時間・深夜労働時間などを自動で集計できます。給与計算ソフトとデータを連携できれば、転記作業の削減にもつながります。

 「今のやり方は費用がかからない」と思われがちですが、集計にかかる時間も人件費というコストです。たとえば、時給2,000円の担当者が毎月5時間を集計に使っている場合、年間で12万円分の人件費がかかっている計算になります(試算例)。

2-2. 打刻漏れや集計ミスを減らせる

 手作業の集計では、打刻漏れの見落としや計算ミス、転記ミスが起こりがちです。勤怠管理システムなら、打刻漏れや申請漏れを自動で検知して、本人や管理者に知らせることができます。スマートフォンやICカードでの打刻は記録が客観的に残り、生体認証や位置情報などと組み合わせれば、代理打刻などの不正防止にもつながります。

 ただし、システムを導入すればミスがすべてなくなるわけではありません。打刻漏れの修正や承認の手順など、運用ルールもあわせて決めておきましょう。

2-3. 残業時間や有給休暇を管理しやすくなる

 勤怠管理システムでは、従業員ごとの残業時間をリアルタイムで確認でき、上限に近づいた時点でアラートを出せる製品もあります。また、年10日以上の年次有給休暇が付与される従業員には、年5日の取得が義務づけられています。システムで付与日数・取得日数・残日数を管理すれば、取得状況の確認や年次有給休暇管理簿の作成が楽になります。

2-4. 勤怠管理の属人化を防げる

 小規模企業では、勤怠の集計方法を特定の担当者しか知らない状態になりがちです。その担当者が休んだり退職したりすると、給与計算が止まるおそれがあります。システムで計算ルールを設定しておけば、担当者が変わっても同じ基準で集計でき、引き継ぎもしやすくなります。

3. 勤怠管理システムは何人から導入すべき?

 勤怠管理システムに「何人から導入すべき」という決まりはありません。目安の一例としては、従業員が10人前後になり、月末の集計に半日以上かかるようになったら、導入を検討するとよいでしょう。ただし、人数よりも勤務形態や管理の手間で判断することが大切です。

3-1. 従業員5人・10人・30人規模で考える導入の目安

従業員数 勤怠管理の状況 導入の考え方
5人前後 経営者が自分で集計できる範囲のことが多い 無料プランや打刻中心のシンプルな製品で、客観的な記録を残すことから始める
10人前後 集計・給与計算の負担が目に見えて増える。同じ事業場で常時10人以上になると、就業規則の作成・届出が必要になる 給与計算ソフトとの連携や有給管理まで含めて検討する
30人前後 部署やシフトが増え、月末の集計に数日かかることもある 残業アラート、シフト管理、申請・承認の機能まで備えた製品を選ぶ

※上記は導入を検討する目安の一例であり、法律上の基準ではありません。

3-2. 人数だけでなく勤務形態や管理負担で判断する

 従業員が5人以下でも、次のような会社は早めの導入がおすすめです。

  • パート・アルバイトが多く、シフトや勤務時間が人によって異なる
  • 直行直帰や現場勤務、テレワークがあり、事務所で打刻できない従業員がいる
  • 変形労働時間制や夜勤など、労働時間の計算ルールが複雑
  • 複数の店舗や現場があり、勤怠の情報が1か所に集まらない

3-3. 導入を検討したい企業のチェックリスト

 次の項目に当てはまる場合は、勤怠管理システムの導入を検討してみましょう。

  • 月末の勤怠集計に半日以上かかっている
  • 打刻漏れや手書きの修正が毎月のように発生している
  • 従業員ごとの残業時間を、すぐに答えられない
  • 有給休暇の残日数や年5日の取得状況を把握できていない
  • 勤怠の集計方法を知っているのが1人だけである
  • 事務所以外で働く従業員がいる
  • 給与計算ソフトに勤怠データを手入力している

4. 小規模企業向け勤怠管理システムの費用相場

 小規模企業向けのクラウド型勤怠管理システムは、初期費用0円、1人あたり月額100〜500円程度のプランが中心です。従業員30人以下なら無料で使える製品もあります。ただし、最低利用料金やオプション費用によって実際の月額は大きく変わるため、総額で比べることが大切です。

4-1. 初期費用と月額料金の目安

費用項目 目安 注意点
初期費用 0円の製品が多い 初期設定や導入支援に別途費用がかかる場合がある
月額料金(従量課金) 1人あたり100〜500円程度 機能を追加すると単価が上がる
月額料金(定額制) 一定人数まで月額数千円〜1万円台 少人数だと1人あたりの単価が割高になりやすい
打刻機器 スマートフォン・PCなら0円 ICカードリーダーや専用端末は別途購入が必要な場合がある

※料金は製品・プランによって異なります。

4-2. 従業員10人・30人・50人の料金シミュレーション

 料金体系の違いで、実際の月額がどう変わるかを試算しました。

料金パターン 10人 30人 50人
A:1人300円・最低料金なし 3,000円 9,000円 15,000円
B:1人200円・最低料金月5,000円 5,000円 6,000円 10,000円
C:30人まで定額1万円、超過分は1人300円 10,000円 10,000円 16,000円
D:30人以下は無料、31人以上は全員分を1人100円(最低料金月3,000円) 0円 0円 5,000円

※説明用の試算例で、特定の製品の料金ではありません。税抜、初期費用・オプション費用は含みません。

 10人の場合、1人あたりの負担はパターンBで500円、パターンCで1,000円となり、表示されている単価より割高になります。一方、50人ではパターンBがAより5,000円安くなるなど、従業員数によって料金体系ごとの負担額は変わります。今の人数だけでなく、2〜3年後の人数でも試算しておくと安心です。

4-3. 最低利用料金やオプション費用に注意

 たとえば、1人あたり月額200円でも、最低利用料金が月額10,000円なら、従業員10人の月額は2,000円ではなく10,000円になります。料金表の単価だけで比べず、契約前に次の点を確認しましょう。

最低利用料金

 人数にかかわらず、毎月の最低金額が決まっていないか

課金対象の人数

 「登録した人数」と「実際に打刻した人数」のどちらで料金が決まるか

オプション費用

 有給休暇管理、シフト管理、申請・承認のワークフローなどが基本料金に含まれているか

無料プランの制限

 データの保存期間、利用できる機能、サポートの範囲に制限がないか

契約期間

 月単位で解約できるか、年契約が前提か

打刻機器・連携の費用

 ICカードリーダーや給与ソフトとの連携に追加費用がかからないか

5. 無料の勤怠管理システムでも十分?有料版との違い

 結論から言うと、従業員が少なく、勤務ルールがシンプルな会社なら、無料プランでも打刻と基本的な集計は十分にこなせます。ただし、無料プランには人数・機能・データ保存期間・サポートなどの制限があります。シフト管理や有給管理、給与計算ソフトとの連携まで必要な場合は、有料版を検討しましょう。

5-1. 無料プランで利用できる機能と制限

 無料プランで使えるのは、主に出退勤の打刻、出勤簿の作成、労働時間の集計といった基本機能です。一方で、次のような制限が設けられていることが一般的です。

項目 無料プランによくある制限
利用人数 登録できる従業員数に上限がある(10人まで、30人までなど)
機能 有給休暇管理、シフト管理、申請・承認などが使えない、または有料オプション
データの保存・閲覧期間 過去のデータを閲覧・保存できる期間が短い
データ出力 CSV出力の回数や形式に制限がある
サポート メールのみ、またはマニュアル・FAQのみ
その他 画面に広告が表示される

 特に注意したいのが、データの保存期間です。1-2で説明したとおり、出勤簿などの記録には保存義務があります。無料プランを使う場合は、データを定期的に出力して社内で保管しましょう。

 なお、無料プランと、一定期間だけ使える「無料トライアル」は異なります。トライアルは期間終了後に有料契約が必要になるため、利用条件を確認しておきましょう。

5-2. 無料プランが向いている企業・有料版が向いている企業

無料プランが向いている企業 有料版が向いている企業
従業員が数人程度で、今後も大きく増える予定がない 無料プランの人数上限を超える、または必要な機能が無料では利用できない
全員が同じ時間帯に勤務している シフト勤務、夜勤、変形労働時間制などがある
まずは打刻記録を客観的に残したい 有給休暇の付与・取得をシステムで管理したい
給与計算は手作業や別の方法で対応できる 給与計算ソフトと連携して転記をなくしたい
操作に慣れた担当者が社内にいる 電話やチャットなど、すぐに相談できるサポートが必要

 また、無料プランから有料版に切り替える際に、データを引き継げない製品もあります。将来、有料版に移る可能性がある場合は、同じサービス内で切り替えられるかを最初に確認しておくと安心です。

6. 小規模企業向け勤怠管理システムの選び方

 小規模企業が勤怠管理システムを選ぶときは、「料金体系」「機能と打刻方法」「勤務ルールへの対応」「給与計算ソフトとの連携」「サポート」「拡張性」の6点を確認しましょう。IT担当者がいない会社ほど、価格だけで選ばず、導入後に無理なく運用できるかを重視することが大切です。

6-1. 従業員数に合った料金体系を選ぶ

 4-2のシミュレーションのとおり、同じ人数でも料金体系によって月額は変わります。従業員が10人前後なら、最低利用料金が低い従量課金型が割安になりやすい一方、人数が増えると単価の安さや定額制のメリットが出てくることもあります。今の人数だけでなく、2〜3年後の人数や、パート・アルバイトの入れ替わりも踏まえて比べましょう。

6-2. 必要な機能と打刻方法を確認する

 機能が多いほど便利ですが、使わない機能に費用を払うのは避けたいところです。まずは「打刻・集計だけでよいのか」「有給管理やシフト管理も必要か」を整理し、必要な機能だけを選べる製品を検討しましょう。

 打刻方法も、働き方に合わせて選ぶことが重要です。

働き方 向いている打刻方法
事務所勤務が中心 PC打刻、ICカード打刻
直行直帰・現場勤務がある スマートフォン打刻(位置情報つき)
店舗・工場など共用端末を使う タブレット打刻、ICカード打刻、生体認証

6-3. 自社の勤務形態や就業ルールに対応できるか

 小規模企業でも、勤務ルールは会社ごとに異なります。たとえば、次のようなルールがある場合は、システムで正しく計算できるかを事前に確認しましょう。

  • 変形労働時間制やフレックスタイム制
  • 夜勤や日をまたぐ勤務
  • 独自の残業計算や端数処理(丸め処理)のルール(法令に沿った処理が必要)
  • 休日出勤や振替休日、代休の扱い
  • 36協定で定めた時間外労働の上限に応じたアラート

 丸め処理の注意点については、「勤怠管理の丸め処理とは?」で詳しく解説しています。

 例えば、所定労働時間を超えた分と法定時間外労働を分けて集計する場合や、休日の種類によって計算方法が異なる場合は、設定できる内容を詳しく確認しましょう。

 標準機能で対応できないルールをExcelで補うと、結局は手作業が残ってしまいます。無料トライアルで、自社のルールどおりに集計できるかを実際に試すのがおすすめです。

6-4. 給与計算ソフトと連携できるか

 勤怠データを給与計算ソフトに手入力していると、転記ミスや作業時間が発生します。連携の可否は、次の点で確認しましょう。

  • 現在使っている給与計算ソフトと、CSV出力やAPIで連携できるか
  • CSVの出力項目や並び順を変更できるか
  • 残業・深夜労働・休日労働の時間を区分して出力できるか

 連携できる場合も、出力されたデータをそのまま取り込めるかを、トライアル期間中に確かめておくと安心です。

6-5. 操作性と導入後のサポート体制を確認する

 小規模企業では、経営者や総務担当者が他の業務と兼務しながら運用することがほとんどです。管理画面が分かりやすいか、従業員がスマートフォンで迷わず打刻・申請できるかを確認しましょう。

 あわせて、サポート体制も重要です。初期設定を手伝ってもらえるか、電話やチャットですぐに相談できるか、法改正のときにシステムが更新されるかを確認しておくと、IT担当者がいなくても安心して運用できます。

6-6. カスタマイズや将来的な拡張性に対応できるか

 事業が成長すると、従業員数や拠点が増え、勤務ルールも複雑になります。導入時は小規模でも、人数が増えたときにそのまま使い続けられるか、シフト管理や申請・承認機能を追加できるか、複数拠点の管理に対応できるかを確認しておきましょう。

 また、企業独自の残業計算や休暇制度などがある場合は、標準機能だけでは対応できないこともあります。その場合は、個別の勤務ルールに合わせたカスタマイズに対応できるシステムが選択肢になります。

 例えば、クラウド型勤怠管理システム「FC勤怠」では、企業独自の勤務ルールに合わせたカスタマイズ開発に対応しており、専門スタッフによる電話サポートも提供しています。自社の勤務ルールに標準機能で対応できるか、追加開発が必要な場合はどの程度の費用がかかるかを、導入前に確認しましょう。

 なお、具体的な製品の料金や機能を比較したい方は、勤怠管理システム比較10選|料金・機能・サポートの違いと選び方を解説もあわせてご覧ください。

7. 小規模企業の勤怠管理システムに関するよくある質問

7-1. 従業員5人以下でも導入する意味はある?

 あります。従業員が少なくても、会社には労働時間を客観的な方法で把握し、記録を保存する義務があります。5人以下なら無料プランや低価格のプランで始められることも多く、打刻記録を客観的に残すだけでも、未払い残業などのトラブルを防ぐ備えになります。

7-2. Excelで勤怠管理を続けても問題ない?

 タイムカードやICカードの記録をもとにExcelで集計し、正しく保存できていれば、それだけで法律違反になるわけではありません。ただし、従業員が出退勤時刻を自分で入力するだけの方法は自己申告制にあたり、実際の労働時間との食い違いを確認する措置が必要です。また、Excelでは計算式の誤りや後からの書き換えに気づきにくいため、人数が増えるほど管理の負担とリスクが大きくなります。

7-3. パート・アルバイトの勤怠も同じシステムで管理できる?

 管理できます。労働時間の把握義務は、正社員だけでなくパート・アルバイトにも適用されます。多くの勤怠管理システムでは、雇用形態ごとに勤務ルールを設定でき、シフト管理機能があればシフトの作成から勤怠の集計までまとめて行えます。

 また、パート・アルバイトにも、所定労働日数や勤続期間に応じて年次有給休暇が付与され、年10日以上付与される人は年5日の取得義務の対象になります。付与日数を自動で計算できるシステムを選ぶと、管理が楽になります。

7-4. 導入までにどれくらいの準備が必要?

 クラウド型なら、最短で即日から使い始められる製品もあります。ただし、勤務ルールの設定や給与計算ソフトとの連携が必要な場合は、1〜2か月程度を準備期間の目安として、次の4つのステップで進めると安心です。

① 目的と必要な機能を整理する

 今の課題と、必要な機能・打刻方法を洗い出す

② 無料トライアルやデモで試す

 自社のルールどおりに集計できるか、操作や集計結果を確認する

③ 初期設定を行う

 就業ルール、従業員情報、休暇の付与日数などを登録する

④ 従業員に説明して本格運用する

 打刻・申請方法を周知し、テスト運用で給与計算との照合を確認してから、勤怠の締め日に合わせて切り替える

8. まとめ|小規模企業こそ自社に合った勤怠管理システムを選ぼう

 勤怠管理システムの導入は法律上の義務ではありませんが、小規模企業でも労働時間を客観的な方法で把握し、記録を保存する義務があります。タイムカードやExcelでの手作業には、集計の手間やミス、属人化といった見えにくいコストが隠れています。

 最近は無料プランや1人あたり月額数百円から使えるクラウド型も増えており、少人数の会社でも導入しやすくなっています。ただし、最低利用料金や無料プランの制限によって実際の負担は変わるため、料金表の単価だけでなく、総額と自社の勤務ルールへの対応を比べることが大切です。まずは無料トライアルを活用して、自社の働き方に合うかを実際に試してみましょう。

 FC勤怠では、企業ごとの独自の勤務ルールに合わせたカスタマイズ開発や、導入後の電話サポートに対応しています。自社の勤怠管理に課題がある場合は、お気軽にご相談ください。